En los años 60, el padre Flynn intenta acabar con las rígidas costumbres de la escuela St. Nicholas, y acepta a su primer alumno de raza negra. La hermana James le cuenta a la directora, la estricta Hermana Aloysius sospechas que el padre Flynn parece estar pasando demasiado tiempo en el joven. Entonces cuando la directora inicia una cruzada para expulsar al Padre Flynn de la escuela a toda costa.